Le procureur général représente en personne ou par ses substituts le parquet auprès de la cour d’assises ou de la cour d’appel de Besançon, qui est le double degré de juridiction - lequel est au fondement de la possibilité qu’une affaire soit jugée deux fois.
Son rôle : veiller à l’application de la loi et au bon fonctionnement des parquets dans le ressort de sa cour. À ce titre, il anime et coordonne notamment l’action des procureurs de la République placés sous son autorité. Il peut enfin leur demander, par des instructions écrites et versées au dossier, d’engager ou de faire engager les poursuites qu’il juge opportunes.
Les substituts généraux sont au nombre de 5 en comptant l'avocat général. Le procureur général leur délègue certaines de ses compétences. «Sous son autorité, le parquet général représente le ministère public à l’échelon de la cour d’appel. Pour la Franche-Comté cela représente 7 tribunaux de grande instance, ceux de Dole et Lure devant disparaître en janvier. Les procureurs agissent dans le cadre de concertations de politiques pénales définies au plan national par le Garde des Sceaux et déclinent sur le plan local les politiques d'action publique plus spécifiques (par exemple en matière de sécurité routière ou de violences conjugales). Il la délègue aux procureurs généraux, eux-mêmes aux procureurs de la république. Cette hiérarchie implique une obligation de loyauté et d’information. Mais contrairement à ce que l’on peut parfois entendre, cette situation laisse une grande autonomie aux procureurs dans l’exercice quotidien de leurs missions.
Nous sommes également en lien avec les services de la chancellerie pour informer de difficulté particulières, pour les remontées statistiques. Nous sommes en quelque sorte la courroie de transmission avec le ministère.
À côté de ce travail effectif de mise en oeuvre des politiques pénales, nous allons aussi aux audiences, nous requérons aux assises en tant que représentant de l’autorité publique à la cour d’appel, qui est le dernier endroit où les faits sont évoqués puisque la cour de cassation ne s’occupe que de l’examen du droit.
Cela ne concerne pas toutes les procédures de la juridiction, seules quelques centaines sont portées à notre connaissance. Le parquet général est plus particulièrement en lien avec les parquets pour les affaires qui font l’objet d’un signalement, c’est-à-dire les plus importantes et les plus médiatisées. En tant que substitut, je m’occupe de 250 à 300 dossiers environ».
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